北京岩土工程协会秘书处为协会的常设工作机构，秘书处下设综合部、财务部、督查部和技术中心四个职能部门。各部门工作职能如下： 

一、综合部

       综合部，含办公室、法规处、宣传处、会员服务处。负责协会主要工作安排及协会重大决策事项的组织落实和协调督办；编制年度工作计划和年度工作总结等重要文件，检查年、季度工作计划执行情况。负责协会发文核稿，收发公文，做好协会各类基础资料的收集与归档工作。负责协会法人证照年检、使用管理和公章用印登记。负责协会办公用品的购置、发放和管理；负责开展相关政策法规和标准规范宣贯，组织岗位、专业技术业务知识培训；开展国内外行业组织、企业和会员单位业务合作，学术经验交流，提供专业咨询；负责会员单位的发展和日常管理工作，做好资格审查和登记发证，督促会员单位缴纳会费；负责会员大会、理事会、常务理事会等会议组织工作。

二、财务部

       负责财务管理工作。严格执行社团组织财务管理办法，合理使用经费，做好成本核算；负责协会资产管理，建立协会固定资产登记和使用管理制度；负责协会会费的收缴、管理和相关票据发放等工作；委托和协助办理协会年度财务审计工作。

三、督查部

       负责协助政府部门落实市场和行业监管职责，弥补政府监管力量不足，完善规章，加强管理；负责组织制定和实施行业从业规范、行业自律公约和职业道德准则等并督促落实；负责建立岩土工程行业市场信用评价体系，扶优罚劣；开展会员市场行为调查，接受和调解处理会员投诉，建立公平和竞争有序的岩土工程承发包市场。

四、技术中心

       技术中心，含技术超市、技术服务部、技术研发部。负责整合行业技术资源，建立岩土工程技术超市，开展技术交易，通过资源共享的技术市场，为行业和会员单位做好技术服务；负责建立岩土工程技术发展基金，加强技术研发和知识产权保护。